亞細胞定位是查找生物大分子在細胞內的具體存在的位置,如在核內、胞質內或者細胞膜上存在。常見的亞細胞定位方法有生物信息學預測法、熒光法、GFP融合蛋白表達法。
熒光顯微鏡技術是一種非常有用的工具,湖北亞細胞定位,可以幫助我們了解植物細胞中不同細胞器的位置和功能。通過使用不同的標記物,我們可以定位許多其他細胞器,亞細胞定位服務,例如核糖體、囊泡和細胞壁。這些信息對于研究植物細胞的生物學過程和開發新的農業技術都非常重要。
蛋白質序列特征:
利用改進型偽氨基酸組成法(PseAAC)、偽位置特異性得分矩陣法(PsePSSM)和三聯體編碼法(CT)對蛋白質序列進行特征提取,洋蔥亞細胞定位,并將這三種方法得到的特征向量進行融合,以得到一個全新的蛋白質序列特征表達模型,然后輸入到堆棧式降噪自編碼器(SDAE)深度網絡里自動學習更有效的特征表示,選用 Softmax 回歸分類器進行亞細胞的分類預測,可有效提高蛋白質亞細胞定位預測的準確性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白質序列,提取位點特異性譜中的位點特異性得分矩陣作為蛋白質的一類特征,并計算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1~7 階二肽含量作為另外兩類特征,由這三類特征一共得到蛋白質序列的 12 個特征向量。通過設計一個簡單加權函數對各類特征向量加權處理,作為神經網絡預測器的輸入,可提高蛋白質亞細胞定位預測的精度。
GFP是綠色熒光蛋白,在掃描共聚焦顯微鏡的激光照射下會發出綠色熒光,從而可以地定位蛋白質的位置。綠色螢光蛋白(GFP)是一個由約238個氨基酸組成的蛋白質,從藍光到紫外線都能使其激發,發出綠色熒光。通過基因工程技術,綠色螢光蛋白(GFP)基因能轉進不同物種的基因組,在后代中持續表達,亞細胞定位方法,并且能根據啟動子特異性地表達。
使用GFP必須構建融合蛋白載體,并在轉染之后有效表達。這樣,若在熒光顯微鏡下看到細胞內某一部位存在GFP信號,說明和GFP融合的蛋白也存在于該部位,這樣就達到了確定某物質亞細胞定位的目的。
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